La Fiscalía General del Estado elaboró manuales, protocolos, instructivos y formatos que permitan la aplicación homogénea del Reglamento del Sistema Especializado Integral de Investigaciones, de Medicina Legal y Ciencias Forenses. Estos manuales y protocolos están distribuidos en 3 áreas: ciencias forenses, medicina legal y cadena de custodia. Por ejemplo, en Medicina Legal está el instructivo para la aplicación del protocolo para peritajes forenses de infracciones penales relacionadas con violencia intrafamiliar, delitos sexuales y lesiones, cuando la vida de la víctima no corre riesgo por las lesiones. En cadena de custodia consta el procedimiento para manejo de indicios y/o evidencia digital, de joyas y piedras preciosas, muestras biológicas, papel moneda, billetes y moneda metálica, sustancias peligrosas, entre otros.
